A erradicação ou eliminação completa de uma espécie nativa seria inviável. Os métodos de controle podem ser agrupados em mecânicos (corte, anelamento do caule, desenraizamento, queima, etc.), químicos (herbicidas) e biológicos. Para a escolha do controle mais adequado para determinada espécie tóxica, é sempre recomendável a orientação de um técnico.

Desenraizamento– O mais simples é com o uso do enxadão, impraticável em grandes áreas no Pantanal, por ser muito trabalhoso. É eficiente e seguro para o ambiente, mas requer constante observação quanto à reinfestação. Há implementos agrícolas, mas seu uso não seria viável para plantas em baixa densidade, como é a maioria das espécies tóxicas do Pantanal.

Corte manual – Demanda muita mão-de-obra, que, no caso do Pantanal, seria antieconômico, exceto em áreas menores, como ao redor da sede da fazenda, e de maior infestação de plantas.

Roçadeira – É um implemento muito utilizado em pastagens cultivadas, mas com limitações em pastagens naturais do Pantanal onde haja muitas árvores. Esta prática é paliativa, pois logo pode vir a rebrota e o problema tende a se agravar. Ocorre ainda que as folhas de certas plantas tóxicas se tornam mais palatáveis quando murchas ou secas, como as da mamoneira.

Rolo-facas – Há alguns modelos no comércio, outros de fabricação artesanal. Funciona para controle de plantas sensíveis a danos na base, como o fedegoso e o caruru, mas pode ter efeito contrário em arbustos com órgãos subterrâneos.

Anelamento da casca – Como o anterior, é trabalhoso, podendo-se usar foice ou facão. Na Austrália foi desenvolvida uma ferramenta especial para acelerar essa operação.

Queimada – É pouco útil, pois as plantas tóxicas geralmente têm sistemas subterrâneos e rebrotam antes das gramíneas, podendo aumentar o risco de intoxicação, porque aumenta a proporção na dieta. As plantas anuais em geral são sensíveis ao fogo, entretanto, podem germinar e aumentar após a queimada, como caruru e fedegoso. Funciona bem no caso de plantas recém germinadas e jovens. Por outro lado, o fogo pode favorecer a germinação de espécies como fedegoso.

Herbicidas – O uso de produtos químicos é dispendioso, embora possa ser muito eficaz. Porém, no Pantanal não é um método recomendável, dada a possibilidade de efeito tóxico direto para outras plantas e o risco de contaminação do ambiente. 

Entretanto, a aplicação dirigida, mediante o pincelamento ou a pulverização no toco, é eficiente e usa quantidades muito reduzidas de produto, causando pouca poluição. No material vegetal morto logo se instalam cupins e outros organismos decompositores, e se reinstalam plantas sucessoras, indicando que o efeito residual de herbicidas do tipo hormonal é pouco preocupante. O uso de herbicidas deve obedecer as normas vigentes.

Manejo da pastagem – De modo geral, evitar excesso de lotação é uma das alternativas para reduzir a incidência de intoxicação, por duas razões principais:

a) não faltando pasto, os bovinos não sofrem de restrição alimentar (fome) e têm maior oportunidade de selecionar apenas plantas forrageiras; o pastoreio rotativo favorece o consumo de plantas tóxicas, porque reduz a seletividade;

b) as pastagens não degradadas têm menor infestação por plantas invasoras e tóxicas.
Portanto, evitar a concentração de gado em áreas críticas, mudando os cochos de lugar. Nas manchas já infestadas por planta tóxica, cercá-las.

Controle biológico – É a utilização de inimigos naturais, como insetos, fungos, etc. que sejam predadores ou parasitas específicos das plantas indesejadas. Entretanto, este método necessita de muita pesquisa prévia e tem pouca eficiência onde as plantas estão em estado nativo, portanto, adaptadas à ação dos inimigos. Este método não está livre de risco ambiental, pois o organismo introduzido pode se tornar problema. 

Utilização econômica – Associado ao corte, pode ser feito o aproveitamento econômico de algumas plantas tóxicas, uma forma de controle que é compatível com a conservação da natureza. Exemplos de espécies tóxicas com potencial de utilização:

a)Barbatimão: fonte de tanino e casca medicinal, utilizados regionalmente.

b) Espichadeira: fármaco veterinário potencial, já comprovado como fonte de suplemento vitamínico (vitamina D) contra o problema de ovo de casca mole em aves de postura, contra a febre do leite em vacas de alta produção, e para acelerar regeneração óssea em fraturas. Possivelmente tenha até utilidade para uso humano, contra raquitismo e osteoporose.

c) Fava-de-anta: fonte de rutina, já muito explorada comercialmente e que o Brasil exporta, como matéria prima para remédio, já havendo até projetos de cultivo, pois as áreas com populações naturais têm diminuído.

d) Mamona: a semente é oleaginosa, de bom valor comercial.

e) Ximbuva: madeira, utilizada regionalmente na construção de canoas.